El Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques compta amb 12 unitats funcionals que corresponen a les diferents àrees de coneixement sobre les quals s’investiga:
Unitat d'Anatomia Humana i Embriologia
Unitat d'Anatomia Patològica
Unitat de Bioestadística
Unitat de Biologia
Unitat de Farmacologia
Unitat de Física Mèdica
Unitat de Fisiologia
Unitat d'Histologia i Neurobiologia
Unitat de Medicina Preventiva i Salut Pública 1
Unitat de Medicina Preventiva i Salut Pública 2
Unitat de Microbiologia
Unitat de Radiologia
Unitat de Toxicologia